沒有寫過程式就不會遇到 BUG

本篇介紹執行定序分析常見的報錯情境，
而報錯的方式千百種，查詢解決方法就一種 :
錯誤訊息複製起來，扔到 Google 就對了
不過總有特別頑固又印象深刻的錯誤，
這邊分享幾種曾經遇過特別的報錯 :

• An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1)

  

  Reference : forum.qiime2.org

  這應該是最常見也是頭最疼的一個報錯，
  DADA2 是負責品質管制的 R 套件，
  頭疼的原因是永遠報錯都是 return code 1(難道沒有其他數字了嗎 ! )，
  不會直接顯示真正的錯誤訊息，
  注意看會有一行紅字 :

  Debug info has been saved to /tmp/XXXXXXXX.log
  

  此時複製路徑並輸入 :

  head /tmp/XXXXXXXX.log
  

  就能夠一窺它壞掉的原因了Q，
  把裏頭真正錯誤訊息丟 Google 才找得到解法。

  • 情境舉例 : 錯誤訊息 - Mismatched forward and reverse sequence files

    'Filtering Error in (function (fn, fout, maxN = c(0, 0), truncQ = c(2, 2), truncLen = c(0,  : Mismatched forward and reverse sequence files: 3296, 4292.'
    

    這情況會發生在抓取公開文獻的序列資料來分析時遇到的 Bug ，
    主因是 NGS 雙尾定序 (Pair-end)原始資料兩邊序列不等長，
    為什麼會不等長可能要問問作者或神奇海螺，
    解法如下 :

    1. 調出 QIIME2 錯誤報告資料夾

       qiime tools export \ 
       --input-path demux.qza \
       --output-path debugging 
       

    2. 切換到 debugging 資料夾

       cd debugging
       

    3. 列出該批待處理樣本檔名與序列長度資訊

       for f in *.fastq.gz; do r=$(( $(gunzip -c $f | wc -l | tr -d '[:space:]') / 4 )); echo $r $f; done
       

    4. 看起來會像是這樣 (示意圖) :

       

    5. 回去一開始觀察錯誤訊息，若有3296, 4292 出現在列表中，
       建議直接到manifest.tsv 移除那對樣本，
       不要分析它了，請學會放下它，執著並不符時間成本。
       Reference : forum.qiime2.org

• Alpha Beta 多樣性分析結果，有樣本缺失 (E.g. 跑5個出來4個點)

  這是因為取樣深度 (sampling depth) 調得太高的關係，
  觀念參閱 [Day 15] !

  • NGS QIIME2 次世代定序分析
    解法 : 參閱 [Day 16] 。

  • TGS pb-16S-nf 第三代定序分析
    results/rarefaction_depth_suggested.txt 含有程式預設取樣深度，
    若這個深度超過了一些樣本序列，就會被刪除，
    例如預設 18590 ，結果有個 sample 是 18451，
    該樣本就會在後續的分析被消失，:

    

    可於 results/visualize_biom.html 找到該圖

    解法 : 參閱 [Day 26]。

時間過得很快，即將迎來系列文的最後一篇，希望到這裡的你對定序分析有了基本認識，對於錯誤的出現也能更從容應對 : D